Был образован в феврале 1992 года на учредительной конференции, прошедшей в Ижевске. Первым президентом СБР был избран Евгений Новиков.
В 1995 году Союз биатлонистов России возглавил четырехкратный олимпийский чемпион Александр Тихонов, который в дальнейшем проработал на этом посту 13 лет. С октября 2008 года президентом Союза является известный российский бизнесмен Михаил Прохоров.